我最近听到一个故事，说有人想用“高帅富”的二代测序检测乳腺癌MCF-7细胞里基因Pim3的表达量，有所震惊，“高射炮打蚊子”的节奏？！也不知道是哪位小伙伴老板这么有钱，倘诺老板懂那么点基础实验，定会打烂各位的屁股。
 

　　据说这位童鞋得到老板的5字箴言——“做个预实验”，老板就是老板，绝不跟你多说一个字的废话，剩下的自己研究。于是这位童鞋首先打算检测乳腺癌MCF-7细胞里基因Pim3的表达量，这也是小伙伴们在预实验经常面临的。

　　最初他打算用qPCR检测细胞内mRNA的表达量，qPCR有两化学方法——探针法和染料法，这位童鞋选择的是相对便宜的SYBR green染料法。

　　但是偏有好事之徒指点江山，“为啥要做SYBR green染料法的qPCR呢？要做定量qPCR的话，不如做Taqman探针法的qPCR来得精确。有文章介绍过，SYBR green来做qPCR的话，是会有很严重问题的。因为SYBR green会抑制PCR反应，得出来的结果没有探针来的效果好，其实价钱也没差很多！”

　　这位临床高手+实验室菜鸟，在他人的建议之下，开始转向研究Taqman探针，好不容易摸出点门道，准备将Taqman探针发给公司合成。实验室又出现另一个“好事之徒”，建议其直接检测乳腺癌MCF-7细胞系Pim3蛋白表达量，理由如下：mRNA表达降低，并不代表蛋白表达会降低呢，因为如果蛋白的泛素化停滞，蛋白就会累积；又或者蛋白的磷酸化不断激活，也会导致蛋白作用的变化。所以用Taqman探针还不如用Western Blot来得直接，直接检测蛋白表达、磷酸化、泛素化的变化，以防后患。抗体的价钱也就比Taqman探针贵了那么一点而己。

　　这位童鞋实验本就是七窍通了六窍，觉得也是嘛有道理的，于是忽忽悠悠地就查了各种抗体的供应商，你懂的，对于入门菜鸟，要研究会Western也不是容易的事情。你认为这就结束了？
 

　　说来话巧，造化弄人，又来一位指点江山的师兄，“你要研究基因表达变化，干嘛不就做一张芯片呢？一下子就出来全部基因组里的表达变化，多好！想要啥就有啥，里面2w多个基因随你挑！跟这个基因表达相关的上下游通路，啥都一清二楚，绝对是居家旅行，沉默表达必备的利器啊！价钱么也就比抗体贵一点点，少定几个抗体就都有了，多划算呢！”

　　此后几周，这位童鞋找了几家芯片公司，好好地恶补什么是mRNA芯片、miRNA芯片、LNC RNA芯片。最后这位同学找到了华大基因准备做二代测序，究其原因，有人告诉他，芯片这种东西已经过时了，完全跟不上现在时代的套路了，要做就做二代测序。

　　这个故事固然离奇，但是“高射炮打蚊子”这种事情，干过的小伙伴可以默默地举个手！

老谈闲谈：

这位童鞋有以下几点误区：
 

1、SYBRGreen在高浓度情况下会抑制PCR反应，但普通的qPCR 2×Mix是不会出现这样的情况；

2、蛋白的检测确实可以说明表达的问题，泛素化、磷酸化也能检测蛋白的作用，其实检测mRNA也能解决大部分的表达问题，蛋白表达一般是在mRNA表达差异不明显的情况下再使用的； 

3、芯片是高大上的，但单基因变化，完全用不上基因芯片，而且在做基因芯片之前，也需要在有表达差异的细胞或者组织间进行；

4、二代测序是更高大上的技术，深度测序可以了解低频的突变，转录本的测序可以了解细胞组织的整体的表达情况，要是你只是检测单基因完全没必要搞得那么复杂；

5、当实验室的师兄，特别是表面上很有科研能力的师兄怂恿你用新技术的时候，请千万要三思而行，自己思考一下才会省去很多不必要的麻烦；

6、记得给老板省点钱，不然小伙伴们不好交差，倘诺自己是老板的小伙伴，自己的经费更要省着花才对。

 文章来源：Helixlife

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